瑞士国铁的最新货运部门是国铁货运公司(SBB Cargo AG)。2003年，国铁货运公司共运输了近5千5百万吨货物。国铁货运的总部设在瑞士北部边境城市巴塞尔。

为实现两天内西西里橘子从树林到超市的承诺，国铁货运是运输水果必不可少的连接。在瑞士边境的Chiasso，国铁货运的快车从意大利同事那里接过柑橘货车，将它们运往瑞士不同的地方，或者运往巴塞尔转交给德国铁路货运。“柑橘火车”只是一个三方货运合作的例子

但是，合作并不排除竞争。尽管瑞士国铁于德国铁路有合作，却拒绝了德国铁路的合并提议，因为瑞士国铁不想放弃独立。

2001年，国铁货运却和德国私营公司HGK形成了战略联盟。2002年6月，这两家货运公司建立了子公司SRC Köln，负责北海港和巴塞尔，最终到意大利的货物运输。但瑞士国铁货运表示，他们在德国的合作目的不是跟德国铁路竞争生意，而是寻找新客户并促使他们以铁路代替公路运输。

同时，负责通往意大利铁路线上的重要L隧道的私营瑞士公司BLS也创建了自己的货运自公司:BLS货运公司。2002年6月，德国铁路货运公司购买了BLS货运公司的20%股份。国铁货运因此在瑞得铁路线上有了竞争对手。

国铁货运在南部和意大利铁路货运合作多年，甚至计划成立合资公司。但是，这个计划由于准时性的问题而失败。国铁货运决定在意大利尖子自己的分公司。在意大利，瑞士国铁将和
BLS货运竞争，BLS货运拥有一家私营意大利公司Ambrogio。

在2004年的新火车时刻表中，瑞士国铁货运在德国增加了四倍的货运，在意大利则增加了五倍。