瑞士国家科学基金会成立以前，各州分别负责州内各学院和大学科研工作的资金问题。这是瑞士典型的州自立政治体系的表现，但是因为各州财政预算的局限性，科学工作者在许多领域上的科研工作因资金问题无法进行。

亚历山大·冯·姆拉尔特医生首先成立了一个委员会，然后是瑞士自然科学社会团体主席。—他们热衷于争取所有科学领域的联邦科学基金。1952 年，他们的努力终于得到回报，国会批准成立科学基金会。

今天，两个由65 位科学工作者组成的科学基金委员会代表国家作出决定，是否为一项科研项目拨发基金。国会每年批给他们一定数目的科学基金。

基金会得到除政府机构以外的多方慷慨捐助。国家科学基金会的成立在当时曾是一个重大成就，今天这一组织依然面临着许多重大挑战。

1953年瑞士国家基金会成立伊始，只拥有大约四百万瑞郎额基金。25年后，瑞士国家基金会已拥有1亿2600万瑞郎作为基金。50年后，即在2003年，基金会已经拥有4亿瑞郎的基金。