瑞士的第三大宗教是伊斯兰教。2000宗教普查表明，瑞士有三十多万的穆斯林教徒，该数目几乎超出了1990年两倍。大多数穆斯林是来自其它国家的避难者。仅10年的时间，瑞士公民中的穆斯林人数就从7700增加到36500。

大量来自中东欧的移民使得东正教人数增多。其总数已超过13万人。

犹太教的人数也稳定增长，目前大概有17900人。

不同的佛教教派共有大约二万一千教徒，其中一半是瑞士公民。瑞士最大的佛教庙宇泰国僧院(Wat Srinagarindravararams)于2003年在索洛图恩(Solothurn)落成；其次是小乘佛教僧院(Theravada)。

无神论者的数目也急剧上升，目前占总人口的11%以上。1990年时，该比例为7.4%，1970年仅为1.1%。