在瑞士诞生了两位著名的欧洲新教运动领导人；一位来自德语区，一位来自法语区。

乌尔里克•兹温格利(Ulrich Zwingli，1484-1531)

兹温格利出生于瑞士东部的托根堡(Toggenburg)的一个自由农民的家庭。他是一个优秀的学者和语言学家，阅读过圣经的希腊文和希伯来文原版。他传播的主要道义是：圣经是唯一可引导信仰和指导行为的标准，教堂解释圣经而得出的其它规定是毫无根据的。

他认为教会于政府应该完全分离；同时，他呼吁当权者仿照上帝的法规来制定国家的法律。

兹温格利在瑞士传播革新思想，并重新组织联盟，使其在新教的庇护下更加联合。1531年，在瑞士中部地区反对天主教军队的战役中，兹温格利不幸被杀。

让•卡尔文(Jean Calvin，1509-1564)

卡尔文的名字与日内瓦密切相关，日内瓦在他的领导下改革成为“新教的罗马”。卡尔文本是法国人，因寻求避难先到了巴塞尔。1532年，他脱离了罗马天主教堂之后，来到了日内瓦。

当时，日内瓦还不是瑞士联盟的成员，但于伯尔尼和苏黎世之间存在联合关系。

卡尔文最先于1536年来到日内瓦。由于当地人民反对他的道德苦行，两年后他离开了日内瓦。但1541年，他的追随者请他再次回到日内瓦。这一次，虽然他的标准和前次一样严格，却比较有效。教堂会拥有优先于其它任何世俗势力的权力，并且为政府提供精神指导。

卡尔文的“辛勤工作”的教义，以及“财富是上帝的奖赏”的思想对现代资本主义发展的影响巨大。他鼓励学习艺术与科学，并提倡手工和经商，从而促进了日内瓦的繁荣。