尽管在联盟人口众多，势力强大的地区，革新派取得了胜利；天主教派仍发动军队，卷土重来。

在天主教地区，非宗教势力接管了大主教在审判和金融方面的权力，甚至有权指定牧师。

由于革新者的大力提倡，人们的学习热情空前高涨。在很多天主教地区，基督教徒也开始实行教育计划。

瑞士对天主教革新最大的贡献来自卡尔迪纳尔•卡尔罗•伯罗米欧(Cardinal Carlo Borromeo，1538-1584)。1579年，他在米兰建立了“海尔维第大学”(Collegium Helveticum)，训练瑞士传教士。伯罗米欧于1610年成为圣徒，并成为瑞士天主教会中有圣职授与权的人(在加利福利亚州蒙特瑞地区也有此权力)。

天主教徒赢回了部分领地。1531年，苏黎世被击败后，某些地方统治阶级重新信奉天主教。1567年，伯尔尼将沙布莱和热克斯地区还给了萨沃王朝，这两个地区从此重新开始信奉天主教；1851年，巴塞尔的大主教也收回了一些地区。 在天主教各州的干预下，瓦莱州也渐渐放弃了宗教革新。

其它地区尽管受到压力，仍然坚持信奉新教。这些地区包括属于圣加仑教堂的托根堡。某些州，每个教区可以选择自己的信仰。格拉鲁斯州保持着两种忏悔习惯；阿彭策尔州于1597年分裂成两部分：信仰天主教的内阿彭策尔和信仰新教的外阿彭策尔。