加尔文在日内瓦的活动对这个城市影响深远。他试图建立的教会规定引起了人们的极大关注：无论是赞扬，还是嘲笑其“圣城”(Hieropolis)的绰号。

在加尔文的影响下，日内瓦发生了很大改变: 这不仅是由于新政府的建立，而且大量来自法国、意大利，荷兰和英国的宗教避难者也对日内瓦造成了巨大的影响。这些外国移民自然都是加尔文的支持者，因此引起了日内瓦人的愤怒，将他们视为对自己权力和影响的威胁。1555年，为了捍卫加尔文的体制，日内瓦爆发了一场大起义。

大有作为的避难者被训练担任政府部门的职位，并传广加尔文的教义。加尔文最重要的追随者包括约翰•诺克斯(John Knox)，他是苏格兰教堂的创始人。

避难者中有很多印刷者和出版人，他们通过印刷圣经经文，帮助传广教义。1559年，新的学术机构和大学被设立，吸引了很多学生来到日内瓦。

为了避免宗教酷刑的人们大量涌入日内瓦，其中一些人对城市做出了持久的贡献：他们包括娴熟的手工艺人和银行家等。

日内瓦最难和解的劲敌之一：萨沃(Savoy)王朝仍庇护着一些反对地区。

1602年，萨沃王朝的查尔斯(Charles-Emmuanuel)伯爵一世进行了最后的尝试，但一夜的进攻被警觉的市民击退。为纪念这场战争，日内瓦保持了庆祝“攻城节”(Escalade)的传统。该节日的法文名称意为“长梯”，因萨沃军队使用长梯攻城而得名。

1603年，萨沃王朝在«圣朱利安条约»(Treaty of St Julien)中放弃对日内瓦的全部权利。