十六世纪，一场前所未有的革新席卷了整个西欧：罗马天主教堂分裂成两大阵营；新教徒反对大主教的至高权力。

尽管表面上这是一场宗教革新，但它反映了社会结构的深层危机。和其它国家一样，瑞士的宗教改革伴随着社会动乱与破坏。全欧洲的革新支持者捣毁了教堂作为偶像崇拜的雕像和画像；将神父和修女赶出修道院，这些被赶出去的神父修女再也没能重返教堂。

但是，人民的不满已经远远不止对教堂的不满，而是针对整个社会体制。新教徒的极端分子，如再洗礼派教徒，在农村地区拥有很多追随者，结束了什一税和地租制度；但也受到主流新教领导人的强行限制。

关于容忍度的神学辩论变得激烈：日内瓦采取了独裁主义的态度。如果新教徒的行为与政府大纲不符， 就会被监禁、驱逐，甚至遭受火刑。而巴塞尔则成为思想自由的中心。