瑞士一旦被卷入法国的影响范围内，就无法逃避长达16年之久的欧洲战争。1799年，奥地利和俄罗斯军队试图逐出瑞士境内的法国军队，却没有成功。大量外国军队的进入使得瑞士人民的生活更加贫困。

海尔维第共和国很快显出无能，国会中的联邦主义者和中央集权主义者产生了分裂。瑞士陷入了内战之中，拿破仑政府以“海尔维第共和国的调停者”的身份介入。

1803年3月，拿破仑通过了“调停法案”，并没有给中央化的共和国留下多少余地。法案重新恢复了州制度，但以前的隶属地区提高到州级地位。

联邦成员州的改变最先开始于1513年。结果，六个新州被建立：分别是阿尔高，格劳宾登，圣加仑，图尔高，提挈诺和沃州。

新宪法含蓄地承认了瑞士的中立性，但瑞士仍必须为法军提供士兵。这是一项非常不得人心的措施。尽管瑞士提供的士兵人数从1万8千减至1万2千, 但仍有很多瑞士人为法国作战而牺牲。

1812年，拿破仑对俄罗斯作战失利，从莫斯科撤回法国的途中，瑞士军队取得了著名的贝勒齐纳(Berezina)战役的胜利。整整一天的时间，大约1300名瑞士士兵阻击了4万俄罗斯士兵；与此同时，其它法国部队乘浮舟渡河。瑞士士兵死伤严重: 只有300人幸存，但却防止了法国的彻底失败。