在三十年战争中，瑞士联盟极力避免因宗教而引起分裂；但这并不意味着解决了成员间的差异。忏悔的划分在60年间引发了两场战争。

这两场战争即是第一和第二次维尔梅根战争(Villmergen War)。两次战争的决战都发生在今天阿尔高的所在地。

1656年，苏黎世为了改善天主教统治地区的新教地位，引发了第一次维尔梅根战争。战争以新教的失败告终。

第二次战争爆发于1712年。托根堡(Toggenburg)的改革者和圣加尔天主教(Catholic St Gall)修道院为争夺连接中部各州和德国南部的公路建筑权，而引起争端。苏黎世和伯尔尼支持托根堡，最终击败了天主教派。

战后签署的和平条很大程度地改变了天主教和新教的势力平衡。天主教势力不再占主要地位。