瑞士联盟的扩张并不是一帆风顺的。面对奥地利的威胁，联盟成员团结一致；但当威胁消失，各州开始顾及各自的利益。十五世纪时，联盟曾出现过两次内部纠纷，险些导致解体。

苏黎世及其它地区
1436年，托根堡(Toggenburg)家族的最后一代伯爵去世。为争夺土地继承，苏黎世和施维茨之间出现了争执。苏黎世拒绝接受仲裁人的决定，甚至向奥地利恳求援助。几年间，苏黎世与施维茨之间的战争一触即发。1444年，奥地利说服法国雇佣军为苏黎世而战。法国军队在圣雅各布(St Jakob an der Birs)的战役中大败联盟军。

到1450年，苏黎世和施维茨之间才缔结了和平条约。苏黎世放弃与奥地利的联盟，并承诺不再做出类似的协议。

城市与乡村
政治和社会危机导致了联盟解体的第二次威胁。

联盟各成员一直拥有自行结盟的权利。1477年的勃艮第之战(Burgundian War)结束后，联盟的城市成员与很多其它城市结盟，使得乡村成员担心联盟的平衡可能因此遭到破坏。

同时，乡村各州担心势力的西部转移：象伯尔尼这样的大州在联盟事务的决定权越来越大。

特别引起争议的是，城市各州希望提高联合城市索罗图恩和弗里堡的地位，使其成为完整的联盟成员。

在1481年的施坦斯议会上，城市与乡村终于达成了协议。隐士尼克劳斯•弗吕艾(Nikolaus of Flüe)，又被称为“克劳斯兄弟”(Bruder Klaus)，在这次会议上做调停。索罗图恩和弗里堡成为联盟的第九和第十个成员。