瑞士的淡水资源占欧洲总量的6%。欧洲三大河流：莱茵河(Rhine)，罗纳河(Rhone)及因河(Inn)均发源于瑞士。它们分别流入不同的海洋：北海，地中海和黑海。

距离沙夫豪森州几公里处的莱茵瀑布是欧洲最大的瀑布。瀑布宽150米，长25米。游客可乘小船参观瀑布中间的岩石。

此外，瑞士境内有1500多个湖泊。瑞士最大的两个湖分别为日内瓦湖和康斯坦丁湖。日内瓦湖位于瑞士和法国两国境内，康斯坦丁湖分别位于瑞士、德国和奥地利三国境内。日内瓦湖位于罗纳河口，是中欧最大的淡水湖。

完全位于瑞士境内的最大湖泊是纳沙泰尔湖，面积为218.4平方公里。最有名的可能是位于瑞士中部的卢塞恩湖，面积为113.7平方公里。