莱茵河起源于瑞士阿尔卑斯山，是瑞士与德国的主要分界。只有从巴塞尔到北海一段莱茵河是可航行的。

巴塞尔因此成为主要的运输中心，在这里货物由水运改为其它运输方式或相反。巴塞尔有四个港口，均与欧洲公路铁路系统紧密相连。

在巴塞尔港口进行的海外贸易占瑞士总量的15%，大约每年为9百万吨。河运进口的大宗货物主要是:液体及固体燃料，金属和机器，谷物和动物饲料。出口的主要是各类金属、机器设备和医药产品。

2002年，瑞士莱茵舰队由115艘不同的船组成，其中45艘是客船(短程及远程)。