瑞士欧洲几条主要河流的发源地。这使得防止污染在瑞士特别重要。

自20世纪中期开始，人们努力改善水的质量，建造了污水和排流设备。

化学成分进入湖泊而引起的问题部分得以解决。 洗洁剂中的磷肥添加剂是主要罪源。1985年，洗衣粉禁止使用这些添加剂，但是厨房洗洁精中仍然允许使用。来自动物农场的粪肥也是污染水源的原因之一。这些成分有利于水藻的生长，从而减少水中的氧气，杀死很多水中动植物。受害的主要是小湖，但日内瓦湖和楚格湖也存在这个问题。

更加严重的是由微污染源引起的问题，不能用排流设备解决。微污染源包括药品残渣，其长期影响大部分还不为人知。

在20世纪30到60年代，在瑞士较深得湖泊中丢弃废旧军需品引起公众的争议，但是地方政府认为它们并不危险。

近年来，瑞士的鱼产量一直在下降。造成这一现象的原因有以下几个：生活空间的减少，污染源，感染病和升高的水温。

2000年，人们发现图恩湖中的大量白鲑的性器官发育畸形，其原因不明。