瑞士工业和饮用水的80%来自地下水源。

2002年设置的全国地下水监控系统表明，很多水资源受到硝酸盐，农药和碳氢化合物的污染，特别是在人口密集的中部地区。 

尽管水源可以安全饮用，还是要采取预防措施保护水源。 

最大的污染源是硼酸盐。最高的污染率发生在耕种集中的地区。 农业是最重要的污染源，但城市中外泄的污水管道和施肥过重的绿地也是水污染的源头。