瑞士很多本地物种受到威胁， 来自国外的动植物是引起的现象的原因之一。这些动植物威胁很多本土物种，有时甚至对人类有危害。有些“外来移民”不仅和本地物种激烈竞争栖息地，而且还引进了导致本地物种灭亡的疾病。

很多动植物是被人们有意或无意地引进瑞士。植物由于园艺而被进口，动物因为食用或其它用途而被引进，后来逃跑到野生环境中。 有时，外国植物动物通过附着在衣服或集装箱上进入瑞士。

此外，气候变化使一些以前不能适应瑞士环境的物种， 生存下来。 

不受欢迎的植物包括：来自高加索山脉和西南亚地区的巨型猪草， 它的汁液会造成严重的烧伤和水泡，还会腐蚀溪流的堤岸；另外一种来自美国的豚草，它的大量花粉会引起花粉症甚至哮喘。

美洲灰松鼠从意大利象北迁移进入瑞士。科学家已经预言如果不采取措施， 美洲灰松鼠将会取代本地的松鼠。2001年，人们在瑞士北部发现了美洲淡水螯虾的存在， 它们的肉非常可口。 但是，美洲鳌虾带有一种真菌疾病，严重威胁到本地物种。亚洲虎蚊携带很多潜在疾病，于2003年第一次在瑞士发现。