В Швейцарии берут свое начало многие реки Европы. В силу этого государство принимает надлежащие меры по предотвращению их загрязнения.

Важнейшими резервуарами пресной воды являются озера. В них сконцентрировано более половины запаса воды Швейцарии. Важную роль в водопользовании играют также вечный снег и ледники, на долю которых приходится 26% всех запасов.

В целях улучшения качества воды, уже с середины XX века в стране ведется строительство очистных сооружений и установок для очистки сточных и промышленных вод.

Важную проблему представляют химические питательные вещества, в частности, фосфатные добавки, содержащиеся в синтетических моющих средствах. В 1985 г. фосфатные стиральные порошки были запрещены, а применение фосфатных добавок было допущено только в производстве средств для мытья посуды. Благодаря этим мерам удалось существенно снизить содержание фосфата в озерах.

Следующим загрязнителем являются сельхозудобрения. Органически обогащенная вода способствует мощному стимулированию нежелательного роста водной растительности, такой как водоросли и т.п. Этот процесс приводит к сокращению форм водной жизни и к возникновению вредных эффектов, связанных с растворенным в воде кислородом. В первую очередь эта проблема касается небольших озер, однако Женевское и Цугское озера не являются исключениями.

Предметом особой заботы являются микрозагрязнители, которые трудно обезвредить даже при помощи современных систем очистки сточных вод. Главным образом они содержатся в продуктах распада фармацевтических препаратов.

За последние годы в Швейцарии существенно сократилась численность рыб. Это связано с уменьшением их места обитания, загрязнением внутренних водоемов и с колебаниями температуры воды. Климатические изменения тоже приводят к нарушению равновесия пресноводных экосистем.