Наряду с угрозой исчезновения видов отечественной фауны и флоры, поводом для еще бóльшей обеспокоенности служит вторжение в Швейцарию "экзотических" видов растений и животных. Они угрожают многим местным видам, а в некоторых случаях даже опасны для человека. Некоторые экзоты не только вытесняют местную флору и фауну, оказавшуюся неконкурентоспособной по сравнению с ними, но и заражают их новыми болезнями.

Многие "пришельцы" были завезены сознательно или нечаянно человеком: растения - для декоративных целей, животные - в качестве домашних, для мяса или других целей. Со временем животные убегали или их просто выпускали на природу. В других случаях экзоты попадают в Швейцарию с одеждой, контейнерами фруктов или других товаров из южных стран.

Эти экзотические виды довольно быстро приспосабливаются к новому климату и могут существенно изменить местные экосистемы. Так, агрессивный сорняк борщевик Мантегацци (Heracleum mantegazzianum) буйно разрастается по берегам рек и с ним очень трудно бороться. Его сок при попадании на кожу оставляет шрамы. Родиной борщевика является Кавказ и юго-западная Азия, но еще в XIX в. он был привезен в Западную Европу, где выращивался как декоративное растение. Пыльца амброзии полыннолистной (Ambrosia artemisiifolia), завезенной некогда из США, вызывает сенную лихорадку и даже астму.

Такие животные, как серые американские белки (Sciurus carolinensis), оказались приспособлены к жизни в лесу гораздо лучше своих местных рыжих собратьев, и со временем могут их вытеснить, если не будут приняты соответствующие меры. Пятнистый рак (Pacifastacus leniusculus), который водится в Северной Америке и мясо которого считается деликатесом, был обнаружен в Швейцарии в 2001 г. Азиатский тигровый комар (Aedes albopictus), являющийся потенциальным разносчиком различных вирусных заболеваний, был впервые выявлен в Швейцарии в 2003 г.