В период между 1798 и 1815 годом границы Швейцарии претерпели существенные изменения.

В 1798 г. союзные города Женева и Мюлюз были аннексированы Францией, а 1802 г. из состава Гельветической республики выделился Валлис. Несколько лет он был независимым, но в 1810 г. переименован во французский департамент Симплон. Валлис с его горными перевалами Большой Сен-Бернар и Симплон был очень важным стратегическим пунктом для Франции.

Несмотря на вышеописанные аннексии со стороны Франции, границы Швейцарии были также расширены. Так, принадлежавший ранее Австрии район Фрикталь (расположен восточнее Базеля на берегу Рейна) был в 1799 г. отвоеван у Франции и включен в состав Швейцарской Конфедерации на правах кантона. Однако он просуществовал в таком статусе недолго. Согласно «Акту о медиации» Фрикталь был присоединен к кантону Ааргау, в составе которого он находится и по сей день.

В 1799 г. между Австрией и Францией разгорелся острый конфликт за право владения землей Граубюнден. Он закончился в 1801 г. в пользу Франции. Несколько лет спустя Граубюнден вошел в состав Конфедерации в качестве 16-го полноправного кантона, а вот территории, отошедшие по приказу Наполеона к Цизальпинской республике, Швейцария обратно так и не получила.