К марту 1798 г. вся территория Швейцарии была занята войсками парижской Исполнительной Директории (Directoire exécutive). Опираясь на их поддержку, швейцарские республиканцы провозгласили в апреле 1798 г. «единую и неделимую» Гельветическую республику и приняли новую конституцию, составленную по образцу французской конституции 1795 г. В стране были упразднены различия между полноправными кантонами, союзными землями и фогствами. Швейцария становилась централизованным унитарным государством.

Общесоюзный Тагзатцунг, или коллегия представителей полноправных кантонов, был отменен, а вместо него образован двухпалатный парламент, сформированный из выборных представителей. Правительство республики (или Директория) состояло из 5 членов.

Несмотря на то, что правительство было швейцарским, конфедераты были вынуждены выполнять некоторые указы и постановления французов, противоречащие их интересам. Так, например, жители Швейцарии обязаны были предоставлять ночлег французским солдатам и снабжать их продуктами питания, а также обеспечивать беспрепятственное прохождение французских войск через территорию страны.

Подписав в августе 1798 г. с Францией оборонительно-наступательный союз, Швейцария была вынуждена нарушить нейтралитет. Таким образом, она оказалась втянутой в войну с антифранцузской коалицией, в ходе которой территория Конфедерации стала театром военных действий.