Провозглашенный Великой французской революцией лозунг «Свобода, братство и равенство» был встречен с энтузиазмом всем населением подвластных территорий (фогств) Конфедерации. В начале 90-х гг. XVIII в. это привело к спорадическим выступлениям против существующей власти. Но, так или иначе, вплоть до 1797 г. революция не имела заметного влияния на внутриполитическую ситуацию в стране.

Французы постепенно аннексировали Швейцарию. В 1793 г. они захватили некоторые приграничные территории, принадлежащие епископству Базеля. Четырьмя годами позже Наполеон насильно присоединил район Вальтеллина (в составе Граубюнден) к только что сформированной Цизальпинской республике (ныне эта территория принадлежит Северной Италии).

В январе 1798 г. зависимая от Берна территория Во под предводительством известного швейцарского политического деятеля Фредерика Сезара де Лагарпа (1754-1838) обратилась к Франции за поддержкой в целях изгнания бернских наместников. Таким образом, у Франции появился повод вступить на территорию Конфедерации. Берн был единственным кантоном, оказавшим вооруженное сопротивление французским войскам. Несмотря на первые победы, бернцы не смогли больше противостоять превосходящим силам противника и потерпели окончательное поражение в марте 1798 г. в битве при Граухольце.

Падение Берна ознаменовало начало распада Конфедерации 13 кантонов.