Тот факт, что конфедераты не участвовали в Тридцатилетней войне, совершенно не означает, что они смогли навсегда разрешить религиозные конфликты. На протяжении 60-ти лет страну лихорадило от религиозных противоречий, приведших к открытым вооруженным выступлениям. Так как оба решающих сражения произошли около местечка Вильмерген (ныне в кантоне Ааргау), их называют 1-ой и 2-ой Вильмергенской войной.

Причиной развязки 1-ой войны (1565 г.) стали попытки властей Цюриха улучшить ситуацию протестантского населения в регионах, в которых преобладало католическое вероисповедание. Она закончилась поражением протестантов.

Началом 2-ой войны (1712 г.) послужил конфликт между жителями реформированного графства Тоггенбург и католического Монастыря Санкт-Галлен из-за строительства дороги, которая должна была соединить центральные кантоны Конфедерации с районами южной Германии. Население Тоггенбурга было поддержано кантонами Берн и Люцерн. Война завершилась победой протестантов.

После подписания перемирия в стране изменилось соотношение сил между католическими и протестантскими кантонами, в пользу последних.