Деятельность Кальвина оказала большое влияние на развитие Женевы. Его попытки сосредоточить власть в руках церкви нашли активную поддержку среди населения.

Жизнь в городе совершенно преобразилась. Женева становится крупным центром миссионерского движения и даже приобретает репутацию "святого города", "евангелического Рима". Этому способствовали, с одной стороны, введенные Кальвином новые формы правления городом, с другой стороны – предоставление убежища от религиозных преследований своим единоверцам из Франции, Италии, Англии и Нидерландов.

Естественно, что эти беженцы были приверженцы идей Кальвина, что вызывало негодование среди коренных женевцев. Они усмотрели в этом опасность ослабления их собственного влияния. В 1555 г. нарастающий конфликт привел к вооруженному столкновению, в котором горожане потерпели поражение.

Многие из прибывших в Женеву беженцев стали преданными учениками Кальвина и впоследствии проповедовали другим его учения. Одним из таких был Джон Нокс, заложивший основы шотландского пресвитерианства.

Среди эмигрантов было много публицистов и печатников, которые сыграли важную роль в распространении протестантских идей. В это время в Женеве открылось множество типографий и книжных лавок, главной задачей которых было издание и распространение Библии. В 1559 г. по инициативе Кальвина женевский колледж был преобразован в академию для подготовки образованного протестантского духовенства для романских земель.

В числе беженцев, преследуемых в католических странах за протестантские убеждения, было немало искусных ремесленников и мастеровых, богатых купцов, крупных банкиров. Они принесли с собой новые производства (часовое, шелковое, выделка бархата, и т.д.) и внесли неоценимый вклад в экономическое и политическое развитие города.

Единственным противником Женевы, претендующим на право владения этим городом, была Савойя. Герцог Савойский Карл-Эммануил I предпринял в 1602 г. последнюю попытку захватить Женеву. В ночь с 11 на 12 декабря вооруженные войска герцога начали штурм города. Местные жители встали на оборону родного города и дали врагу достойный отпор. Этот неудавшийся налет получил название «эскалада», что с французского слова escalade обозначает «штурм крепости при помощи лестниц». В 1603 г. Карл-Эммануил подписал с Женевой мир на «вечные времена».