Двумя годами позже Реформация в Цюрихе была в основном завершена, а вскоре цвинглианство распространилось и победило в экономически развитых городах Конфедерации, за исключением Золотурна и Фрибурга.

Как ни прогрессивным было учение Цвингли, оно тем не менее не нашло свой отклик в экономически отсталых сельских регионах Центральной Швейцарии. Будучи малообразованными, население этих территорий относилось с подозрением и опаской на все нововведения, особенно, если они исходили от влиятельного к тому времени кантона Цюриха. Не достигнув компромисса, протестантские кантоны заключили между собой евангелический союзный договор, в то время как верные католичеству лесные кантоны (Швиц, Ури, Унтервальден, Цуг и Люцерн) пошли на союз с австрийским Фердинандом Габсбургом, что было прямым нарушением «клятвенного» договора, положившего начало Конфедерации.

Цвингли вынашивал план проведения Реформации во всей Швейцарии, однако протестантские кантоны не поддержали его в этом, поскольку это означало бы открытое объявление войны католикам. В 1529 г. на выгодных для протестантских кантонов условиях было заключено земское перемирие, согласно которому союз католических кантонов с Австрией был расторгнут. На этом закончилась первая Каппельская война. Однако во втором столкновении в 1531 г. (вторая Каппельская война) войско оказавшегося в изоляции Цюриха не смогло противостоять сводному ополчению католиков и потерпело поражение. Цвингли, принимавший участие в сражении, был убит.

Согласно мирному соглашению, сразу последовавшему за этими событиями, евангелический союзный договор был аннулирован, протестантские кантоны обязаны были воздерживаться от дальнейшей пропаганды своих религиозных взглядов, провозглашалось равноправие религий на всей территории Конфедерации.