Несмотря на то, что движение Реформации было поддержано наиболее экономически развитыми и густонаселенными кантонами Конфедерации, католикам все же удалось мобилизовать свои силы для ответного удара.

В католических регионах тоже происходили церковные преобразования: была урезана церковная юрисдикция, городским властям разрешалось определять круг полномочий и обязанностей священников, назначать их на должности. Следуя примеру протестантов, открывались школы, которые возглавляли иезуиты.

Важный вклад в реформу Римско-католической церкви в Швейцарии внес кардинал Карло Борромео (1538-1584). В 1579 г. он основал в Милане колледж (Collegium Helveticum), главной целью которого была подготовка образованного католического духовенства. Борромео был канонизирован в 1610 г.

В некоторых землях католикам удалось остановить распространение протестантизма и отвоевать значительное число верующих. После победы при Каппеле в 1531 г. (вторая Каппельская война) некоторые из сюзеренов снова примкнули к католичеству. После событий 1567 г., когда Берн был вынужден отдать захваченные им регионы Шабле и Пей де Жекс обратно Савойе, туда снова вернулось католичество.

В остальных регионах Швейцарии жители оставались верными протестантизму вопреки давлению со стороны католической церкви. В качестве примера можно привести графство Тоггенбург, которое, будучи протестантским, принадлежало католическому монастырю Санкт-Галлена.

В некоторых кантонах жителям предоставлялось право на свободный выбор религии. В Гларусе, например, католики и протестанты уживались вместе, а вот Аппенцель из-за религиозных распрей разделился в 1597 г. на две части: на протестантскую (ныне полукантон Аппенцель Иннерроден) и католическую (ныне полукантон Аппенцель Ауссерроден).