На протяжении XVI в. вся Европа была охвачена мощным религиозным движением - Реформацией, расколовшего христианскую церковь на два враждебных лагеря. В отличие от римских католиков, протестанты отказывались признавать власть Папы Римского. Хотя это движение началось как религиозное, оно отразило глубокие социальные противоречия в обществе.

В Швейцарии, как и в любой другой стране Европы того времени, Реформация сопровождалась народными бунтами, погромами и разрушениями. Приверженцы протестантизма уничтожали «идолопоклоннические» иконы и картины в церквях, выгоняли монахов и монашек из их обителей.

Наряду с открытым проявлением недовольства церковью некоторые выражали свой гнев и по отношению социальных устоев в обществе и выдвигали требования по их реорганизации. Приверженцы радикальных религиозных течений, такие как анабаптисты, нашедших своих сторонников в сельских регионах, требовали среди прочего упразднения десятины и арендной платы. Но, так или иначе, эти требования не были поддержаны предводителями протестантского движения.

Теологические разногласия были тесно связаны с религиозной терпимостью: в то время как в Базеле господствовал дух толерантности, в Женеве принимались жесткие авторитарные меры в отношении протестантов (заключение в тюрьму, депортация, сжигание на костре, и т.д.).