Расширение Конфедерации не всегда происходило мирным путем. Наличие общего врага в лице Австрии укрепляло взаимопонимание между кантонами и заставляло их держаться вместе, однако по мере уменьшения угрозы извне возрастали стремления каждого кантона действовать только в личных интересах. На протяжении XV в. Конфедерация два раза стояла перед реальной угрозой распада.

Цюрих против всех

После смерти последнего графа Тоггенбурга в 1436 г. между Цюрихом и Швицем разгорелись ожесточенные споры о наследстве. Цюрих не собирался мириться с вынесенным судом вердиктом и обратился к Австрии за поддержкой. Разногласия продолжались несколько лет. Наконец, в 1444 г. Австрия убедила войска французских наёмников выступить на стороне Цюриха против Конфедерации. В итоге французская армия победила конфедератов во время битвы при Сен-Якоб-эн-Бирс.

Лишь в 1450 г. был заключен пакт о мире. Цюрих официально расторг союз с Австрией и поклялся в будущем не создавать подобных альянсов.

Городские общины против сельских

В результате значительных социально-политических разногласий Конфедерация во второй раз встала перед потенциальной угрозой распада.

Стоит напомнить, что лишь отдельные члены Конфедерации обладали исключительным правом заключать альянсы. После Бургундской войны 1477 г. городские кантоны заключили так много новых союзов взаимной обороны, что сельские кантоны усмотрели в этом опасность ослабления их политической роли в составе Конфедерации. Их также волновало то обстоятельство, что постепенно западные кантоны (например, Берн) приобретали все больший политический вес.

Развязкой конфликта послужило предложение городских кантонов принять в состав Конфедерации союзные города Золотурн и Фрибург на правах самостоятельных кантонов. Наконец в 1481 г. на Совете г. Штанса был найдет компромисс, который предложил обвальдский отшельник Никлаус фон дер Флю (известный под именем Брат Никлаус). Согласно принятому решению Золотурн и Фрибург все-таки стали девятыми и десятыми полноправными кантонами в составе Конфедерации.