Значительная часть речных бассейнов, акваторий озер и подземных вод испытывает антропогенное воздействие (загрязнение, разрушение экосистем).

Озера и реки Швейцарии всегда славились своими значительными колебаниями уровня воды. Примерно к началу XIX в. швейцарцы стали строить многочисленные сооружения, с помощью которых можно было регулировать необходимое направление водного потока. Самое известное из них - Линтский канал в кантоне Гларус, построенный в 1807-1822 гг. До канализации река Линта вливалась в Валенское озеро и, разливаясь, производила опустошительные наводнения. Канал соединил Валенское озеро с Цюрихским, а прилегающие к реке болотистые местности стали пригодны для сельского хозяйства. Другим не менее важным проектом конца XIX - начала ХХ в. стало интенсивное освоение болотистых местностей в регионе Зееланд, расположенном между Бильским, Муртенским и Невшательским озерами. Около 40 тыс. гектаров земель было превращено в плодородные сельскохозяйственные угодья.

Негативное влияние на реки оказывают береговые укрепления, построенные для защиты берегов и прилегающих к ним земель от наводнения и регулирующие русла рек. Результатом вмешательства в естественный русловой режим потока рек стало сокращение биоразнообразия.

В настоящее время наблюдается обратная тенденция, целью которой является сохранение естественной среды для берегов рек.