Экологически чистому производству уделяется в Швейцарии большое внимание. Жители страны стремятся потреблять безопасные для здоровья продукты. В 2005 г. на общем референдуме был принят пятилетний мораторий на использование генетически модифицированных продуктов (ГМП) в отечественном сельском хозяйстве. Этот запрет не распространяется на ввоз в Швейцарию ГМП, но на каждой этикетке товара обязательно должно указываться, что он генетически модифицирован. Аббревиатуры недопустимы.

Все больше популярность приобретает органическое сельское хозяйство. В 2009 г. доля фермерских хозяйств, применяющих органические методы, составила 11.1% от общего числа фермерских хозяйств в Швейцарии. По прогнозам их рост будет продолжаться. Особенно много фермерских хозяйств, перешедших на экологически чистое производство, в горных районах. По данным Федерального ведомства по статистике в 2009 г. на их долю приходилось 20%.

Натуральная сельхозпродукция может быть реализована на внутреннем рынке, если она соответствует определенным требованиям, содержащимся в законодательстве Швейцарии. BIO SUISSE, главная организация экологически чистого сельского хозяйства, выработала свои стандарты и имеет собственный логотип: знак BIO SUISSE Knospe (белая распускающаяся почка в зеленом кругу). Если продукт маркирован знаком BIO SUISSE, он сертифицирован и полностью соответствует требованиям качества.

Естественному выращиванию птиц и животных придается большое значение. Швейцария стала первой страной в мире, запретившей в 1992 г. батарейную систему содержания птицы. Здесь также недопустимо использование антибиотиков и гормонов в качестве пищевых добавок.