スイス連邦鉄道の貨物輸送業務はスイス連邦鉄道カーゴ株式会社が請け負っている。2001年、スイス連邦鉄道カーゴは、スイス連邦鉄道史上2番目に多い5900万トンの貨物を輸送したが、収支は依然として赤字だった。バーゼル市の北端に本社を構え、イタリアとスカンディナヴィア半島の間にあるヨーロッパの国々に輸送される貨物を積み替える場所、いわゆる“ユーロハブ(ヨーロッパの中枢の意)”の役目を担っている。

シチリア産のオレンジを例に挙げると、イタリア国鉄でシチリアから運ばれてきたオレンジは、スイス－イタリア間の国境の町キアッソでスイス連邦鉄道カーゴに引き渡される。その後、スイス国内で消費されるか、そのままバーゼルまで輸送されてドイツ国鉄に積み替えられ、ヨーロッパ北部の国々に運ばれる。