16世紀、西ヨーロッパ全域で宗教改革が行われ、キリスト教会が2つに分裂した。プロテスタントがローマ教皇庁の権威者に拒絶され、カトリックと対立した。宗教改革は、都市と農村の間に大きな社会的緊張をもたらした。

宗教改革派は教会の聖画像を破壊し、修道士や修道女を追放した。他のヨーロッパの地域同様、スイスにも暴動が起こり混乱を招いた。

キリスト教会に対する不満と共に社会の変化を望む声も上がった。農村に支持者を持ち、十分の一税（教会が農民から収穫の10分の１を徴収した現物税）や小作料の廃止を要求したアナバプテスト派のような過激な改革派もいたが、他の改革派からも支持されなかった。

対立する宗派に対する対応は邦によって大きな差があった。ジュネーヴではプロテスタント教徒に対する追放や火あぶりなどの過激な処置が行われていたが、バーゼルは寛大で、言論の自由が認められていた。