18世紀の末、スイスはフランスと密接な結びつきがあったため、ヨーロッパで行われていた戦争に無関係ではいられなかった。1799年、オーストリア軍とロシア軍がフランスの侵略を試み、スイスが戦場となった。多くの外国軍の駐留でスイスの国内財政は困窮した。

ヘルヴェティア共和国は、中央集権主義派と連邦主義派に分離し、統治機構は機能しなくなっていた。国内はクーデターの応酬が頻繁に起こり、ナポレオンが「調停法」を用いて仲裁を試みた。

1803年3月、調停が成立し旧体制の復活が果たされた。新体制では、従属邦や共同支配地といった臣従地はなくなり、盟約社団の正式邦と同等の権利が与えられた。同年、アールガウ、グラウビュンデン、トゥールガウ、ティチーノ、ヴォーが盟約者団に加わった。

新憲法ではスイスの中立が保障されたが、フランスにはスイス人傭兵を自由に徴集できる権利が認められていた。多くのスイス人傭兵がフランスのための戦争で死没した。

スイス人傭兵の勇敢さが伝えられる最も有名な話は、1812年にロシア遠征から退却するナポレオン軍の退路をスイス人傭兵が確保し、ベレジナ川を渡る際にしんがりを務めた話である。1,300人のスイス傭兵と4万人のロシア兵が一日中戦った。スイス人の働きで、フランス兵は全滅を免れたが、スイス兵はほとんど死亡した。