スイスは三十年戦争に参戦せず統一を守ったが、スイス内の宗教対立はまだ解決されていなかった。そのため、その後60年の間に2回の宗教戦争が起こった。現在のアールガウ州のフィルメルゲンが決戦の場となった2つの戦争は第一次、第二次フィルメルゲン戦争と呼ばれる。

第一次フィルメルゲン戦争（1656年）は、チューリヒの改革派がカトリックの邦で宗教改革を促進しようした結果、勃発した。この戦いは改革派の敗北に終わった。

第二次フィルメルゲン戦争（1712年）は、トッゲンブルクの改革派とカトリックのザンクトガレン修道院による道路建設をめぐる争いが発端となり勃発した。この道路は、スイス中央部のカトリックの地方と、同じくカトリックの南ドイツを結ぶものであった。トッゲンブルクはベルン軍とルツェルン軍の後ろ盾でカトリック側を倒した。

和平条約が締結され、カトリックは勢力を弱め、カトリック邦と改革が行われた邦の力関係が変化した。