バイオ燃料とは、生物体（バイオマス）の持つエネルギーを利用した燃料のことである。バイオ燃料を燃焼するときに排出されるCO2は、本来、その原料である植物が成長する過程で取り込んだCO2である。従って、ビオ燃料は、カーボンニュートラルであるという利点がある。しかし、原料となる森林や植物を生産する過程やバイオ燃料を作る過程でCO2が排出されることを考慮に入れなければならない。

バイオ燃料には、以下のような種類がある。

バイオガス

バイオガスは、バイオガスプラントで野菜や樹木、家畜の糞尿や下水の沈泥などの有機物が醗酵する過程で作られるガスである。バイオガスは、主に、3分の2のメタンガス(CH4)と3分の1の一酸化炭素から成り、ガス自動車の燃料になる他、電気を作ったり、一般家庭の暖房燃料として使用されている。

下水を利用して作られたバイオガスは、2005年から全国に先駆けて、ベルン市内の公共交通で使用されており、市内を走る路線バスは、徐々にディーゼル車からバイオガス車に代わっている。

また、チューリヒには、多くのバイオガススタンドが設置されている。

バイオエタノール

バイオエタノールは、糖分、でんぷん質、繊維素を含んだ植物資源から作られる燃料である。バイオエタノールは、植物資源から発生したエチルアルコールとガソリンを混合して製造される。スイスでは、主に、生ごみや樹木（繊維素エタノール）が使用されている。

バイオエタノールが、最も多く作られているのは、ブラジルとアメリカで、特にブラジルでは、とても一般的な燃料である。ヨーロッパでは、スウェーデンでバイオエタノールスタンドを多く見かけることができる。

2005年、ソロトゥルン州に繊維素ゴミからエタノールを製造する最新のバイオエタノールプラントが建設された。さらなるプラントの建設、および、バイオエタノールの活用、農業から出るゴミの有効活用について計画が進んでいる。スイスは、バイオエタノールの5割を自国で製造し、その他の5割を輸入に頼っている。

bEnzin5（ドイツ語圏）/essEnce5（フランス語圏）は、５%のバイオエタノールと95%のガソリンを混合した燃料である。このバイオエタノールとガソリンの比率は、従来の自動車やガソリンスタンドに技術的に適しており、無税のため、bEnzin5/essEnce5の価格は、従来のガソリンと変わらない。

E85は、85%のバイオエタノールと15%のガソリンの混合燃料である。スイスで最初のE85スタンドは、２006年7月にオープンした。E85が浸透するには、E85に技術的に適した自動車とガソリンスタンドが開発されなければならない。

スウェーデン、アメリカ、ブラジルでは、従来のガソリンでも、ガソリンとエタノールの混合燃料E85でも走行可能な車両“フレキシブル・フューエル・ビークル（FFV）”が市場に出ている。スイスでは、2006年に初めて、この“フレキシブル・フューエル・ビークル（FFV）”が売り出された。

先のbEnzin5/essEnce5は、従来のガソリン車よりもCO2排出量が3.5%少なく、E85においては、75%もCO2排出量を削減できる。バイオ燃料の促進者は、バイオエタノールを5%加えた混合燃料Enzin5/essEnce5でも、年間、83万トン以上のCO2排出を削減することができると推定し、これにより、京都議定書の目標の20%近くが達成できると主張している。その上、バイオエタノールは、自国で供給可能な、石油への依存を減らせる燃料であると言及する。スイスの農業にとっても、新しい製品開発が行え、地方に新しい産業をもたらす可能性も秘めている。

バイオディーゼルオイル

バイオディーゼルオイルは、植物油、特に菜の花の油から作られたディーゼルオイルである。また、使用済みの揚げ油からもバイオディーゼルオイルを作ることができる。バイオディーゼルオイルは、排気ガスが少なく、大気中微小粒子の排出もきわめて少ない。また、硫黄をまったく排出しないという長所もある。バイオディーゼルオイルは、現在のディーゼルオイルに代わる燃料となる可能性を持っている。