19世紀までスイス連邦には国旗がなく、兵士達は出身州ののぼりを持って出兵した。1339年、ラウペンの戦い以降、スイス兵は共通の目印として白十字を服と軍備品に付けるようになった。

現在のスイス国旗の前身は、各州から集まった兵士によって編成された特殊な軍隊に目印として使われた赤い旗か、赤に白十字が付いた旗だった。

ヘルヴェティア共和国の時代（1798～1803）には、ナポレオンが白十字を禁止し、緑、赤、黄色の3色旗を強要した。1803年以降、3色旗は再び旧来の目印（州ののぼりに白十字）にとって代わられた。

1815年、初めて白十字の連邦大隊旗が作られた。しかし19世紀に入り、州の主権を主張する連邦主義的な気運が高まったことで、連邦共有のシンボルは存在が危ぶまれた。軍隊は再び、州ごとに別々の軍服を着用し、国家としての統一性は赤地に白十字の腕章を着用するのみに留まった。

スイス国旗が認められたのは、1847年に勃発した分離戦争においてである。分離戦争は、伝統的な価値観と柔軟な自主決定主義、あるいは社会の近代化と国家の中央集権化が対立した戦いであった。中央主権主義の州の勝利によって、ようやくスイス国旗が承認された。

国旗との関わり方は今なお、各州の思想を表す場合がある。2004年のサッカー・ヨーロッパ選手権の際には、スイス国旗でなく州の旗を振って応援するファンの姿も見受けられた。

特例のスイス国旗

2002年、スイス連邦が国際連盟（UNO）に加盟した際、スイス国旗は国連加盟国の国旗の中で唯一の正方形の旗であったため、本部の建物の前に掲揚される国旗は長方形であるようにとの国連規定による要請があった。

その後、旗の表面積が他国の旗の表面積を上回らなければ例外としてスイス国旗を認めるとの通達があり、正方形のスイス国旗が使用されることになった。唯一、ニューヨークの国連本部の前には長方形に改造したスイス国旗が掲揚されている。

スイス国旗の形は、法律で厳密に規定されているわけではないが、国旗に使用される赤色は、2007年1月1日にパントンカラーシステムの485番（マゼンタ100%と黄色の混合色）に決まった。白十字の形は、1889年に制定された。