L'azienda delle FFS nel settore del trasporto merci è FFS Cargo. Nel 2007 le FFS Cargo hanno trasportato 54 milioni di tonnellate di merci. FFS Cargo ha la sua sede principale nella città di confine di Basilea, un "Eurohub" per la gestione del traffico tra Italia, Benelux, Germania settentrionale e Scandinavia.

Sono passati i tempi in cui i treni venivano consegnati ai confini con la giurisdizione di un’altra compagnia ferroviaria. Attualmente FFS Cargo è un'impresa di trasporto europea che circola con le sue locomotive e il suo personale oltre i confini della Germania verso l’Italia e viceversa.

Collaborazione trans-frontaliera

FFS Cargo è un anello essenziale della catena di quasi 2000 km del trasporto della frutta in Europa: un meccanismo che consente di garantire, per esempio, che le arance siciliane arrivino sugli scaffali dei supermercati entro due/tre giorni dalla raccolta. I treni espresso di FFS Cargo rilevano i vagoni speciali per gli agrumi dai colleghi italiani al confine di Chiasso, diramandoli per le varie destinazioni in Svizzera, o trasportandoli fino a Basilea per consegnarli ai colleghi tedeschi di DB Cargo.

L'"espresso delle vitamine" è solo uno degli esempi di cooperazione a tre. Qualunque sia la merce trasportata, è ormai chiaro che la collaborazione trans-frontaliera è il sistema più efficiente per i clienti e le aziende stesse.

Collaborazione e competizione

La cooperazione non esclude però la competizione. Sebbene le FFS collaborino con l'omologa DB, hanno più volte rifiutato le proposte di fusione da questa avanzate per non rinunciare alla propria indipendenza.

Le FFS Cargo, nel 2001, hanno invece formato un'alleanza strategica con la compagnia privata HGK, e nel giugno 2002 entrambe hanno dato vita alla SRC Köln, una compagnia sussidiaria per la gestione dei collegamenti da Basilea verso i porti del Mare del Nord ed in futuro verso l'Italia. FFS Cargo afferma che lo scopo delle operazioni in Germania non è quello di sottrarre affari alla DB, ma di trovare nuovi clienti per persuaderli a scelgliere il trasporto su rotaia.

Nel frattempo, anche l'azienda privata svizzera BLS, che opera sulla linea strategica del Lötschberg verso l'Italia, ha creato una sua sussidiaria per il trasporto merci, BLS Cargo. E nel giugno 2002, la tedesca DB ha acquisito il 20% del suo capitale azionario. FFS Cargo ha quindi competizione sia sulle linee svizzere sia su quelle tedesche.

Per quanto riguarda l'area meridionale, FFS Cargo collaborò per lungo tempo con l'omologa FS Trenitalia Cargo ed ebbe perfino in progetto di creare con questa un'azienda sussidiaria come ha già fatto con HGK. Però il piano fallí a causa di problemi di puntualità e FFS Cargo decise di creare invece una propria azienda sussidiaria con base in Italia. Anche in Italia FFS Cargo sarà in concorrenza con BLS Cargo, il cui 2,3% del capitale dovrebbe essere rilevato dalla compagnia privata Abrogio.

Con l'introduzione del nuovo orario ferroviario nel 2004 il numero di convogli merci in Germania è quadruplicato e in Italia addirittura quintuplicato.