Le divergenze tra progressisti e conservatori aumentarono sempre di più negli anni successivi al 1840. La disputa maggiore riguardava il ruolo e il potere della Chiesa cattolica, ed in particolare quello dei gesuiti.

Nel 1844 Lucerna creò costernazione tra i progressisti di gran parte del paese invitando i gesuiti a prendersi carico della gestione dell’educazione superiore. Sebbene la mossa fosse perfettamente legale da un punto di vista costituzionale, i radicali vi videro la lunga mano del Papa, e ci furono addirittura dei tentativi di far cadere il governo con la forza.

Come risposta, sette cantoni conservatori – Svitto, Uri, Untervaldo, Lucerna, Zugo, Friburgo e Vallese – formarono segretamente il famoso Sonderbund (“lega separata”), per proteggere i loro diritti. Si rivolsero anche alle potenze straniere per ottenere sostegno. Quando l’accordo venne alla luce, nel 1845, i liberali ne richiesero lo scioglimento. Ma si dovette attendere il 1847 perché alla Dieta federale ci fossero abbastanza cantoni liberali da cambiare l’esito della votazione. La Dieta dichiarò quindi il Sonderbund illegale in quanto violazione del Patto federale.