Così come nel resto d’Europa, la Riforma gettò la Confederazione in un clima di guerra, con alcune regioni che rimasero fedeli al Papa ed alle vecchie dottrine, ed altre che sostenevano la Riforma.

Zurigo fu il primo cantone a adottare ufficialmente la Riforma nel 1525. L’insegnamento di Zwingli attirava le popolazioni degli agglomerati urbani e le città più economicamente avanzate: con l’esclusione di Soletta e Friburgo, la maggioranza di esse aderì alla nuova religione.

La risposta fu meno entusiasta tra le popolazioni rurali della Svizzera centrale, meno istruite – non solo per ragioni religiose, ma anche per la diffidenza nutrita nei confronti di tutto quello che provenisse dalla potentissima Zurigo.

I cantoni trovarono impossibile la raggiunta di un compromesso. Quelli riformati si allearono tra loro, mentre quelli cattolici, rompendo il giuramento confederato, si allearono all’Arciduca Ferdinando d’Austria.

Zwingli voleva diffondere il nuovo insegnamento in tutta la Confederazione, ma gli altri cantoni protestanti non avevano l’intenzione di sostenerlo nel dichiarare guerra ai cattolici. Un suo primo tentativo nel 1529 fu reso vano da una tregua, ma nel 1531 le più potenti milizie cattoliche annientarono l’armata zurighese nella cosiddetta seconda guerra di Kappel, dove lo stesso Zwingli trovò la morte.

Durante il trattato di pace che ne susseguì, l’alleanza fu sciolta ed entrambe le fazioni si impegnarono a rispettare le proprie scelte religiose.