Nonostante l’iniziale successo della Riforma nelle aree più forti e popolose della Confederazione, i cattolici mobilitarono le loro forze per reagire a questa situazione.

Le autorità secolari delle aree cattoliche si fecero carico dei ruoli dei vescovi in materia di giustizia e finanza, e in alcuni casi anche della designazione del clero.

In seguito alla crescita dell’istruzione promossa dai riformisti, in molte aree cattoliche vennero iniziati programmi educativi ad opera dei Gesuiti.

Un grande contributo al rinnovamento cattolico in Svizzera fu dato dal cardinale Carlo Borromeo (1538-1584). Egli fondò, tra l’altro, il Collegium Helveticum a Milano nel 1579 per l’istruzione del clero svizzero. Nel 1610 Borromeo fu canonizzato e viene da allora considerato il santo patrono della Svizzera cattolica (ed anche di Monterey in California).

I cattolici riconquistarono sul terreno parte dei territori persi. Alcuni feudi riadottarono il cattolicesimo nel 1531, dopo la sconfitta di Zurigo. Nel 1567, Berna restituì lo Chablais e il Pays de Gex alla Savoia che ritornarono cattolici; la stessa cosa fecero alcuni dei territori recuperati dal vescovo di Basilea nel 1581. Anche il Vallese abbandonò lentamente la religione riformata dopo l’intervento dei cantoni cattolici.

Altre regioni rimasero comunque fermamente riformiste, nonostante la pressione. Tra esse il Toggenburgo, sebbene appartenesse all’abbazia di San Gallo. Tra i cantoni in cui ogni distretto parrocchiale era libero di scegliere la propria fede, Glarona restò bi-confessionale mentre Appenzello si divise in Appenzello Interno di fede cattolica e Appenzello Esterno di fede protestante.