Il XVI secolo fu un’epoca di grossi cambiamenti in tutta l’Europa occidentale. Il movimento di riforma della Chiesa cattolico-romana portò alla divisione della cristianità in due fazioni opposte, con il rifiuto dei protestanti di riconoscere il primato papale.

Sebbene il movimento fosse all’apparenza religioso, in realtà era anche riflesso di tensioni sommerse nella struttura sociale. In Svizzera, come altrove, fu accompagnato da scontri e distruzioni. Sostenitori della riforma in tutta Europa distrussero gli “idolatrous”, statue e raffigurazioni religiose nelle chiese e allontanarono i religiosi dai monasteri, in molti casi per sempre.

Lo scontento andava oltre le ovvie manifestazioni contro la Chiesa e attaccava i principi della struttura sociale. Movimenti protestanti “estremisti” come gli Anabattisti, che trovavano molti sostenitori nelle regioni rurali, arrivarono a chiedere il sollevamento di tasse e balzelli, fino a che dovettero subire una repressione forzata ad opera dei protestanti della corrente principale.

Il dibattito religioso diede origine ad una discussione sulla tolleranza; Ginevra adottò una posizione autoritaria, imprigionando, espellendo o addirittura mandando al rogo i protestanti che osavano essere in disaccordo con la linea ufficiale, Basilea, invece, diventò un centro di libertà intellettuale.