Una volta entrata nella sfera d’influenza francese, la Svizzera non riuscì ad evitare la guerra che avrebbe coinvolto l’Europa per i prossimi 16 anni. Nel 1799 la Svizzera fu involontariamente teatro della battaglia tra la Francia e le truppe austriache e russe, quando queste ultime tentarono invano di scacciare i francesi. La presenza di un gran numero di truppe straniere impoverì ulteriormente il paese.

La Repubblica elvetica si dimostrò ingovernabile, poiché il parlamento era diviso in due correnti, quella federalista e quella centralista. Il paese slittò verso una guerra civile e Napoleone fu costretto ad intervenire in quanto “mediatore della Repubblica elvetica.”

Nel marzo del 1803 entrò in vigore l’Atto di mediazione, il quale conservava poco della repubblica centralistica. L’atto ristaurò il vecchio sistema cantonale, ma elevò le precedenti regioni sottomesse allo stato dei cantoni.

Il risultato fu la fondazione di sei nuovi cantoni (Argovia, Grigioni, San Gallo, Turgovia, Ticino e Vaud). Si trattava del primo cambiamento nella composizione della Confederazione dal 1513.

La nuova costituzione riconosceva implicitamente la neutralità svizzera, ma gli svizzera erano tutt’ora obbligati a fornire soldati per l’esercito francese. Quest’ultima disposizione era estremamente impopolare. Nonostante la diminuzione dei soldati da 18'000 a 12'000, molti svizzeri morirono combattendo per la Francia.

La più famosa impresa di questi soldati è costituita dalla battaglia svoltasi al fiume Beresina, dopo il ritiro di Napoleone dalla sfortunata campagna russa nel 1812. Per un giorno intero, 1'300 soldati svizzeri riuscirono a difendersi da 40'000 russi, mentre il resto dell’esercito (o ciò che ne era rimasto) attraversava il fiume su pontoni. Il numero dei caduti fu molto alto, solo 300 soldati sopravissero, ma i francesi furono salvati dalla sconfitta totale.