I francesi abolirono ogni tipo di governo e di costituzione e ristrutturarono completamente il territorio.

Nonostante la maggior parte dei cittadini dei territori sottomessi fu contenta della disfatta del vecchio regime, molte persone sperarono che quest’ultimo fosse sostituito da una confederazione di tipo analogo, ma nella quale il potere sarebbe stato distribuito in maniera più equa e nel quale tutte le regioni avrebbero goduto degli stessi diritti.

Ma ciò che avvenne non corrispose alle speranze dei cittadini. I rivoluzionari svizzeri istituirono con l’aiuto dei francesi una costituzione per una Repubblica Elvetica centralistica, che fu adottata nell’aprile del 1798.

La distinzione tra cantoni, territori sottomessi e signorie fu abolita, ma i confini amministrativi furono riorganizzati senza tener conto delle premesse storiche. La Dieta fu sciolta e sostituita da un parlamento con due camere, i membri delle quali venivano eletti indirettamente, e dal Direttorio, formato da cinque persone, che rappresentava il governo.

Nonostante il governo fosse in mani svizzere, il paese fu obbligato ad accettare alcune misure impopolari imposte dai Francesi. Tra queste vi erano la garanzia di vitto e alloggio per le truppe francesi, il che costituiva una grossa spesa per i comuni cittadini, ma anche il permesso di usare la Svizzera come paese di transito.

La Svizzera fu anche costretta ad accettare un trattato di alleanza con la Francia, abbandonando così la tradizionale neutralità della Confederazione.