Tra il 1798 e il 1815, la forma della Svizzera cambiò varie volte, sia per questioni politiche sia in base agli esiti delle guerre.

Nel 1798 le città alleate Ginevra e Mulhouse furono annesse alla Francia. Nel 1802 il Vallese si separò dalla Repubblica Elvetica, per rimanere indipendente alcuni anni, ma nel 1810 Napoleone lo annesse alla Francia come dipartimento del Sempione. Con la separazione del Vallese dalla Svizzera i francesi s’impossessarono di due valichi importanti: il Sempione e il Gran San Bernardo. Non ebbero perciò più bisogno di chiedere il permesso di passare per il territorio svizzero.

Ma anche la Svizzera ottenne nuovo territorio: il Fricktal (prima sotto dominio austriaco) situato sul Reno, ad est di Basilea, fu invaso dai francesi nel 1799, ma entrò a far parte della Repubblica Elvetica come cantone separato nel 1802. Questa situazione fu tuttavia di breve durata: dopo l’Atto di Mediazione il Fricktal divenne parte del nuovo cantone Argovia, di cui fa tutt’ora parte.

Tra il 1799 e il 1800 i Grigioni passarono varie volte dalla Francia all’Austria e viceversa. Infine i francesi nei uscirono vincitori e nel 1801 Napoleone dichiarò i Grigioni il 16esimo cantone della Svizzera. Ai Grigioni non vennero però riconsegnati i loro precedenti territori sottomessi che Napoleone avevo annesso alla Repubblica Cisalpina nel 1797.