Il fatto che la Confederazione fosse riuscita a non lasciarsi coinvolgere nella guerra dei Trent’anni nonostante le differenze religiose, non significa che i membri avessero appianato le divergenze. La divisione religiosa diede origine a due guerre in poco meno di 60 anni.

Le due guerre sono conosciute come la prima e seconda guerra di Villmergen, dal nome della località dell’odierno canton Argovia dove ebbero luogo entrambe le battaglie finali.

La prima guerra, nel 1656, fu il risultato di un tentativo di Zurigo di migliorare la condizione dei protestanti nelle aree dominate dai cattolici, e che terminò con la sconfitta.

La seconda guerra, nel 1712, fu innescata dalla disputa tra la popolazione riformista del Toggenburgo e l’abbazia cattolica di San Gallo in merito alla costruzione di una strada di collegamento fra i cantoni centrali e la Germania meridionale. Zurigo e Berna appoggiarono il Toggenburgo e sconfissero gli avversari cattolici.

Il successivo trattato di non belligeranza alterò in maniera sostanziale la bilancia del potere tra i cantoni cattolici e quelli riformati: i cattolici non erano più la maggioranza.