La guerra dei Trent’anni fu un conflitto sia religioso sia territoriale. Le alleanze si modificarono, ma in generale si può dire che oppose il Sacro Romano Impero e i suoi alleati cattolici agli altri poteri europei. Per l’inizio del XVII secolo, l’Impero era fermamente nelle mani degli Asburgo d’Austria che governavano anche sulla Spagna. La Francia (sebbene cattolica) volendo interrompere la continuità di potere dell’Impero, diede il proprio supporto ai protestanti.

La Confederazione riuscì a restare spettatrice del conflitto, principalmente per via del complesso insieme di alleanze che i vari cantoni membri avevano stabilito nella seconda metà del XVI secolo. Tali alleanze erano basate principalmente sulle confessioni religiose. Entrambe le parti si resero conto che dare supporto ai paesi di eguale fede impegnati nella guerra avrebbe distrutto la Confederazione.

In due occasioni, però, nel 1633 e nel 1638, le forze protestanti straniere violarono la neutralità svizzera oltrepassandone i confini con le loro truppe. La Dieta federale reagì instaurando un concilio militare associato, con membri sia cattolici sia protestanti, in grado di fermare alla necessità le incursioni di truppe straniere. Questo accordo è conosciuto con il nome di “Defensionale di Wil”.