I Grigioni – non ancora membri della Confederazione, ma solo alleati – soffrirono durante la guerra dei Trent'anni sia a causa della posizione geografica, sia per via della loro struttura amministrativa e religiosa.

Tutti gli eserciti impegnati nella guerra desideravano controllare i passi alpini grigionesi per la loro importanza strategica. Essi erano infatti l'unico passaggio disponibile tra l'Austria e l'Italia settentrionale sotto il controllo spagnolo – entrambi territori degli Asburgo. Per l'Impero Il controllo dei passi significava poter spostare facilmente le truppe da un campo di battaglia ad un altro.

I Grigioni all'epoca non erano un'entità centralizzata, ma una federazione di tre regioni, le Leghe, la cui elementare struttura politica li rendeva vulnerabili alle potenze straniere.

In aggiunta si registrava una frattura di tipo religioso: il territorio suddito della Valtellina nel sud del cantone era largamente cattolico e si opponeva al dominio dei protestanti. Nel "sacro macello" del 1620 i cattolici valtellinesi, spalleggiati dalle truppe spagnole di Milano, massacrarono un grosso numero di vicini protestanti.

Questo avvenimento scatenò l'intervento delle grandi potenze, e l'area cambiò di mano svariate volte. Il capo locale più conosciuto fu Jörg [Georg] Jenatsch (1596-1639), un pastore protestante che, alleandosi ai francesi, scacciò gli austriaci dalla Valtellina. Scoprendo però più tardi che la vera intenzione dei francesi era quella di prendere controllo dell'area, Jenatsch si convertì al cattolicesimo e si alleò agli Asburgo. Venne assassinato nel 1639, ma il suo obiettivo di mantenere la Valtellina parte dei Grigioni fu raggiunto.