La nanotecnologia rappresenta senza alcun dubbio un settore molto interessante nell'ambito scientifico, ma non tutte le sue applicazioni possono dirsi sicure, e molto resta ancora da scoprire.

Il rischio più temuto riguarda la fabbricazione dei nano-materiali ed in particolare l'esposizione degli operatori alle particelle emesse durante il processo. Inoltre, nel caso in cui questi materiali vengano utilizzati in grosse quantità, come per le vernici e gli smalti, sussiste un forte rischio di dispersione nell'ambiente delle pericolose particelle.

È stato provato che le nano-particelle possono penetrare il corpo umano attraverso i polmoni e, in alcuni casi, raggiungere il cervello; dati sulla possibilità di assorbimento cutaneo non sono invece ancora disponibili.

È egualmente dimostrato che il fullerene o buckyballs, molecole di carbonio utilizzate per trasportare alcuni medicinali nel corpo, può penetrare il cervello dei pesci e danneggiarlo.

L'Ufficio federale della sanità pubblica e l'Ufficio federale dell'ambiente hanno approntato un piano d'azione per valutare i pericoli potenziali delle nanotecnologie. L'Ufficio federale dell'ambiente sta portando avanti un'opera di convincimento presso il Fondo Nazionale svizzero per la ricerca scientifica affinché finanzi delle ricerche sui rischi e gli effetti secondari delle nanotecnologie.