La Confederazione promuove la ricerca scientifica, l'innovazione e il trasferimento di sapere con vari mezzi. Si occupa inoltre di curare le basi legali ed è responsabile della loro approvazione e applicazione.

Fondo Nazionale Svizzero FNS

Il Fondo Nazionale Svizzero FNS è lo strumento più importante della Confederazione. Promuove la ricerca e le nuove leve scientifiche. La Fondazione creata nel 1952 sostiene i lavori di ricerca scientifica presso le scuole universitarie e gli istituti di ricerca indipendenti. Lo scopo principale del FNS è il finanziamento di progetti singoli di elevato livello qualitativo nell'ambito della ricerca di base non orientata tematicamente nonché la promozione di nuove leve scientifiche. Il FNS è responsabile dello svolgimento dei Programmi nazionali di ricerca (PNR) nonché dei Poli di ricerca nazionale (PRN). 

Agenzia per la promozione dell'innovazione CTI

L'Agenzia per la promozione dell'innovazione CTI della Confederazione sostiene da oltre 60 anni il trasferimento di sapere e tecnologie tra scuole universitarie e aziende. La CTI promuove lo sviluppo e l'applicazione di nuove tecnologie. Mette in contatto aziende dinamiche con ricercatori presso scuole universitarie sostenendone la cooperazione ai fini della ricerca applicata e dello sviluppo.