Con il 6% delle riserve d'acqua dolce di tutta l'Europa la Svizzera è considerata, non a torto, il paese delle acque. Sul suo territorio si trovano le sorgenti di Reno, Rodano e Inn, tre dei princiali fiumi continentali e che sfociano poi in tre mari diversi: il Mare del Nord, il Mar Mediterraneo e il Mar Nero.

Qualche chilometro a valle della città di Sciaffusa si trovano le Cascate del Reno che, con un'ampiezza di 150 m e un'altezza di 23 m, sono le più estese d'Europa.

La Svizzera vanta inoltre più di 1'500 laghi; i due principali, il Lago di Costanza e il Lago Lemano, si trovano alle estremità opposte del paese e le loro acque segnano rispettivamente parte del confine con Germania e Austria e con la Francia. Il Lago Lemano, detto anche Lago di Ginevra, è il maggiore bacino di acqua dolce dell'Europa occidentale.

Il più grande lago interamente in territorio svizzero è il Lago di Neuchâtel che misura una superficie di 218,4 kmq anche se il più conosciuto è forse il Lago dei Quattro Cantoni nella Svizzera centrale.