Molte delle acque svizzere non scorrono in modo naturale: quasi un quarto della lunghezza totale dei corsi d'acqua è incanalato in argini artificiali, coperto o controllato con ostacoli appositamente costruiti.

Anche le sponde di numerosi laghi sono protette artificialmente contro l'erosione, ma ciò comporta una limitazione nel processo naturale di rigenerazione tipico dei laghi stessi.

Una drammatica sequenza di esondazioni nel XIX secolo portò ad una serie di interventi mirati alla sistemazione e all'incanalamento dei corsi d'acqua.

Una delle imprese più conosciute fu la deviazione del corso del Linth nel Canton Glarona (1807-1822), che abbassò notevolmente il livello del Lago Walen e prosciugò l'area paludosa lungo il fiume; nello stesso periodo, la correzione dei fiumi della regione del Giura, nella Svizzera occidentale, mise fine agli allagamenti delle aree comprese tra i laghi di Neuchâtel, Bienne e Morat, creando nuove terre fertili da dedicare all'agricoltura.

Da allora molti fiumi svizzeri hanno subito opere di incanalamento e costruzione di argini artificiali. Queste azioni hanno però comportato una riduzione dell'habitat naturale con conseguente perdita di bio-diversità. Gli interventi non hanno potuto neanche risolvere in modo definitivo il problema delle esondazioni che interessava il fiume più a valle dove le piane alluvionali erano drasticamente ridotte.

Oggi si registra un'inversione di tendenza e sempre più rive di fiumi vengono restituite o lasciate al loro sviluppo naturale (rinaturazione).