Mentre numerose specie indigene sono in pericolo di estinzione, l'arrivo in Svizzera di piante ed animali "esotici" è fonte di preoccupazione. Queste nuove specie si sviluppano sovente alle spese delle specie autoctone aggredendone l'habitat e, in alcuni casi, rappresentano addirittura una minaccia per gli esseri umani essendo potenziali portatrici di malattie o parassiti sconosciuti. 

Nella maggioranza dei casi, le specie esotiche sono state introdotte dall'uomo in modo più o meno intenzionale. Così, alcune piante sono state importate a titolo ornamentale per i giardini, alcuni animali per l'allevamento o altro, ed in seguito a situazioni diverse hanno riguadagnato lo stato selvaggio. In altri casi, specie lontane sono potute arrivare in Svizzera grazie ai trasporti con i container o semplicemente attaccandosi agli abiti dei turisti.

Il surriscaldamento climatico contribuisce poi allo sviluppo anche di specie che precedentemente non sarebbero riuscite a sopravvivere in Svizzera.

Tra le piante esotiche invasive, si possono citare l'Heracleum mantegiazzianum, della famiglia delle Apiaceae, originaria del Caucaso la cui linfa può provocare gravi bruciature e piaghe sulla pelle oltre ad erodere i bordi dei corsi d'acqua sui quali ama svilupparsi; l'Ambrosia artemisiifolia, originaria degli Stati Uniti, che produce un abbondante polline sovente causa di allergie e asma.

Per quanto riguarda gli animali alloctoni, lo scoiattolo grigio originario dell'America, arrivato in Italia nel 1948 dove ha colonizzato alcune aree settentrionali, è in procinto di varcare le Alpi: se non verranno prese misure a riguardo, questa specie soppianterà il più piccolo scoiattolo rosso indigeno. Il Pacifastacus leniusculus, o Gambero del Pacifico, la cui carne è molto apprezzata, è stato scoperto allo stato selvaggio in Svizzera nel 2001. Il gambero è però portatore dei un fungo letale per le specie autoctone. La zanzara tigre, propagatrice di virus pericolosi per l'uomo, è stata osservata per la prima volta in Svizzera nel 2003.